诸氏鲻虾虎鱼转录组序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析

• 作者: 余露军 叶惠欣 李建军 蔡磊 陈小曲 陈琳
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 诸氏鲻虾虎鱼 转录组序列 微卫星 筛选 分布特征
• 年，卷（期）: 2015,（9）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 146-151
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2015.09.020

摘要

旨在为大规模开发诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记，采用高通量测序技术，对诸氏鲻虾虎鱼肝脏转录组进行了测序。结果共获得47979条Unigenes，利用微卫星查找程序在47979条Unigenes中共获得6225个微卫星位点（12.97%），平均每7.02 kb就出现1个微卫星位点。6225个微卫星位点由226种重复基序组成，主要分布在三、四和五碱基重复类型中。在数量上，单碱基重复类型微卫星位点最多，占42.49%，二碱基和三碱基重复类型所占比例相似，分别为25.22%和26.27%，四、五、六重复类型较少，合计占6.03%。单碱基重复序列中最多的类型为A/T，二碱基重复序列中以AG/CT重复单元为主，三碱基重复序列中以AGC/TCG为优势类型。挑选部分二、三和四单元重复类型微卫星序列，共设计76对引物，可稳定扩增出目的条带的有55对，其中32对具有多态性。结果表明，利用诸氏鲻虾虎鱼转录组数据可快速大量开发微卫星标记。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈琳		8	57	5.0	7.0
2	余露军		5	28	3.0	5.0
3	李建军		7	48	4.0	6.0
4	蔡磊		4	28	3.0	4.0
5	陈小曲		4	30	3.0	4.0
6	叶惠欣		2	22	2.0	2.0