阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

• 作者: 冯云 张海林 杨卫红 章域震
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 阿卡斑病毒 全基因组 系统进化分析 同源性分析
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 161-169
• 页数: 9页
• 分类号: R373.3
• 语种: 中文

摘要

为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV) DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析.结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸.这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支.同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6％(98％)、88.5％(94％)和96.4％(99.1％).云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异.此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低.本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显.这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨卫红		35	170	8.0	12.0
2	张海林		59	408	13.0	18.0
3	章域震		27	152	8.0	12.0
4	冯云		23	114	7.0	10.0