黄姑鱼转录组SSR的开发与验证

• 作者: 林爱强 王志勇 肖世俊 谢仰杰 龚诗琦
• 来源期刊: 集美大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 黄姑鱼 微卫星 标记 转录组 测序
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 水产、食品与生物技术
• 页码范围: 241-246
• 页数: 6页
• 分类号: S917|S965.325
• 字数: 3580字
• 语种: 中文

摘要

利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70％、32.11％、23.44％,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60％、0.09％、0.06％.随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带.利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量＞0.5).与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王志勇	集美大学水产学院	86	1707	22.0	39.0
3	谢仰杰	集美大学水产学院	44	569	16.0	22.0
7	龚诗琦	集美大学水产学院	2	30	2.0	2.0
11	肖世俊	集美大学水产学院	5	94	3.0	5.0
15	林爱强	集美大学水产学院	2	30	2.0	2.0