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摘要:
人类蛋白互作网络中功能模块的检测是目前网络医学研究的一个热点问题。好的功能模块可以帮助我们更好地去理解和认识蛋白质相互作用的分子机理。近年来的一些研究大多数是基于复杂网络中的拓扑模块发现算法对蛋白质相互作用网络进行模块划分,然后对其进行生物学上的功能研究。由于PPI网络中的蛋白之间相互作用的数据获取的不完整,相关研究表明目前人类只获得了人类蛋白之间相互作用数据的10%~20%,其中已经获取的数据中还包含着一些噪声,这就导致基于拓扑结构的社团检测算法的精度降低。为了克服这个问题,本文将蛋白质复合体数据融入到模块检测算法中,分别使用K?Means和NMF算法对PPI网络进行模块划分,然后从基因本体和通路2个方面对检测到的模块进行功能分析。实验结果表明融合了蛋白质复合体的PPI网络更容易得到具有生物学意义的功能模块。
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文献信息
篇名 融合蛋白质复合体的人类蛋白互作网络功能模块发现
来源期刊 智能系统学报 学科 工学
关键词 蛋白质相互作用网络 蛋白质复合体 功能模块 模块检测 基因本体 通路
年,卷(期) 2016,(5) 所属期刊栏目
研究方向 页码范围 703-712
页数 10页 分类号 TP391
字数 5918字 语种 中文
DOI 10.11992/tis.201603034
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 周雪忠 北京交通大学计算机与信息技术学院 53 1039 17.0 31.0
2 于剑 北京交通大学计算机与信息技术学院 68 1099 12.0 32.0
3 杨柳 北京交通大学计算机与信息技术学院 32 193 8.0 12.0
4 王邦军 北京交通大学计算机与信息技术学院 2 12 1.0 2.0
5 高盼盼 北京交通大学计算机与信息技术学院 2 2 1.0 1.0
6 刘光明 北京交通大学计算机与信息技术学院 3 4 1.0 1.0
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研究主题发展历程
节点文献
蛋白质相互作用网络
蛋白质复合体
功能模块
模块检测
基因本体
通路
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
智能系统学报
双月刊
1673-4785
23-1538/TP
大16开
哈尔滨市南岗区南通大街145-1号楼
2006
chi
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