普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析

• 作者: 向小华 孙亭亭 孙玉合 张磊 赵维 陈雅琼 龚达平
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 关键词: 普通烟草 LBD基因家族 系统进化 基因表达
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 基因挖掘
• 页码范围: 316-325
• 语种: 中文
• DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.02.017

摘要

LBD是一类具有LOB(lateral organ boundaries)结构域的基因家族,在植物发育过程中起到非常重要的作用.采用生物信息学方法,根据拟南芥LBD基因序列鉴定了普通烟草基因组中的LBD基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发育和表达谱分析.结果表明:普通烟草基因组中共有98个LBD基因成员,其基因结构相对简单,一般含有1～3个外显子.LBD基因家族可分成Ⅰ和Ⅱ两大类,两类均含有CX2CX6 CX3C保守结构域,但Ⅱ类不合有LX6LX3 LX6L形成的"卷曲螺旋"二级结构,根据与拟南芥LBD蛋白构建的系统发育树则可细分成5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id和Ⅱ).将LBD基因与表达序列标签(EST)比对,发现36个基因有EST证据;EST、芯片数据和转录组数据分析表明:LBD基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性.这些研究结果为普通烟草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基础.