番茄LBD基因家族的全基因组序列鉴定及其进化和表达分析

• 作者: 刘鑫 孙永江 张世忠 王小非 由春香 苏玲 郝玉金
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 番茄 LBD基因家族 系统进化 基因表达
• 年，卷（期）: 2013,（12）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 2501-2513
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2013.12.011

摘要

[目的]从番茄全基因组中鉴定LBD基因,并进行基因进化、基因结构、染色体定位以及组织表达和诱导表达分析,为番茄LBD基因的功能研究与利用奠定基础.[方法]利用番茄基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定番茄LBD家族成员；采用MEGA5软件进行系统进化树分析；通过perl程序、MapDRAW及GSDS工具进行基因结构及染色体定位分析；利用已有的番茄芯片数据进行组织表达谱和基因表达响应分析.[结果]系统分析鉴定了46个番茄LBD家族基因,根据基因结构及系统进化分析将其分成class Ⅰ与class Ⅱ两类,细分为5个亚家族(Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd与Ⅱ).基因定位表明,12条染色体中的10条均有LBD基因,该基因家族的分布具有广泛性.各个发育阶段表达谱的分析结果表明,LBD家族基因具有不同的组织表达模式,在各个发育时期均有LBD基因的表达.基因响应分析发现,不同LBD基因响应不同的外界信号.[结论]通过全基因组分析,番茄LBD家族基因包括46个成员,在进化上分为两大类,5个亚家族,分布于10条染色体上,组织表达模式及基因响应具有多样性.这些信息为番茄LBD基因家族的功能分析奠定了基础.