短小芽孢杆菌实时荧光定量 PCR 分析中内参基因的筛选

• 作者: 宋婷 张长斌 王海燕 王超 贺婷停
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 短小芽孢杆菌 实时荧光定量 PCR 内参基因 geNorm NormFinder
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 99-106
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.11.028

摘要

为了利用荧光定量 PCR 方法分析短小芽孢杆菌的基因表达水平，需要首先确定适合该菌株的荧光定量 PCR 分析内参基因。以短小芽孢杆菌的16S rRNA、mecA、cadR、rpoB 及 sphP 共5个基因作为候选内参基因，利用实时荧光定量 PCR 的方法分析这5个候选基因在短小芽孢杆菌发酵培养不同时间点的表达情况，再用 geNorm 和 NormFinder 软件评估它们的表达稳定性。结果显示，利用 geNorm 软件分析得出16S rRNA 和 mecA 是表达最稳定的基因，最适内参基因数为2。NormFindr 软件分析得出 mecA为最稳定的基因。对短小芽孢杆菌3个功能基因的差异表达分析结果表明，16S rRNA 和 mecA 都是合适的内参基因，而 mecA 基因由于表达丰度适中，更适合于作为内参基因研究结构基因的表达。为了得到更准确的差异表达结果，也可用两个基因同时进行校正。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王海燕	四川大学生命科学学院	60	299	10.0	14.0
2	王超	四川大学生命科学学院	82	375	10.0	16.0
3	宋婷	四川大学生命科学学院	8	30	3.0	5.0
4	张长斌	四川大学生命科学学院	3	7	2.0	2.0
5	贺婷停	四川大学生命科学学院	2	4	1.0	2.0