澳洲坚果实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

• 作者: 刘恒 周娅丽 杨倩 杨子平 陈东泉
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 澳洲坚果 内参基因 实时荧光定量PCR 稳定性分析
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 组学与生物技术
• 页码范围: 1505-1512
• 页数: 8页
• 分类号: S664.9
• 字数: 5860字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.08.001

摘要

澳洲坚果是重要的热区经济作物,目前国内外尚无关于澳洲坚果实时荧光定量PCR分析内参基因的报道.选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析准确性的先决条件.为筛选澳洲坚果实时定量PCR最适内参基因,以澳洲坚果的根、茎、叶、果皮、果仁为材料,利用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA,Actin,CYP,EF1a,EF1b,GAPDH,MDH,TUBa,TUBb,UBQ,UBC等11个常用的内参基因在澳洲坚果不同组织中的表达稳定性进行了分析.geNorm软件分析的最适内参基因数目为2,最稳定内参组合为MDH和EF1b,TUBa基因的稳定性最差.BestKeeper分析结果认为,MDH基因表达最稳定,EF1b次之,与geNorm结果一致.NormFinder软件稳定性分析显示,GAPDH最稳定,其次是CYP基因;TUBa基因表达最不稳定.ΔCt算法结果表明,18S基因表达最稳定,其次是GAPDH基因,MDH和EF1b排第3和第4.RefFinder综合排序为:MDH>18S>GADPH>EF1b>CYP>UBC>EF1a>Actin>TUBb>UBQ>TUBa.因此,MDH基因在澳洲坚果不同组织中表达最稳定,初步确认可以作为实时荧光定量PCR分析的校正内参基因,在澳洲坚果的基因表达模式分析中具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨子平	中国热带农业科学院南亚热带作物研究所	3	9	2.0	3.0
2	周娅丽	中国热带农业科学院南亚热带作物研究所	1	0	0.0	0.0
3	陈东泉	中国热带农业科学院南亚热带作物研究所	1	0	0.0	0.0