基于 SRAP-PCR 技术开发荞麦种间特异标记及相关序列分析

• 作者: 侯思宇 刘荣华 孙朝霞 李红英 王丽 韩渊怀 黄可胜
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 甜荞 DNA 多态性位点 SRAP-PCR 技术 分子标记
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 页码范围: 879-884
• 页数: 6页
• 分类号: S515|Q94
• 语种: 中文

摘要

[目的]荞麦种质资源繁多,天然的自交不亲和特性使甜荞繁殖的种子存在一定程度的杂合。而苦荞的自交亲和特性又使其繁殖种子世代生殖隔离。为开发鉴别不同荞麦品种以及种子纯度特异分子标记。[方法]基于 SRAP-PCR 技术,根据40个荞麦品种间 DNA 多态性位点,将种间差异 PCR 扩增位点的 DNA 带回收测序,生物信息学分析其序列特征。[结果]克隆了8个种间多态性位点；经核酸序列分析,仅有2个差异 PCR 扩增位点序列包含 SRAP-PCR 扩增的上下游引物序列,分别暂时命名为8802-1和 M 化5；其他位点分析表明均为单引物扩增序列。其中,8802-1位点核酸序列长度为705 bp,包含3个常用酶切位点；预测到1个 ORF 区,所编码的氨基酸序列经 BLASTP比对分析,未找到任何与蛋白质数据库中同源的氨基酸序列。M 化5位点核酸序列长度为687 bp,包含3个酶切位点和2个 ORF,经 BLASTP 比对分析,预测第2个 ORF 编码的氨基酸序列与拟南芥的反转座子蛋白同源性为71%,推断该序列为包含一个反转座子元件的基因。[结论]本研究获得了2个品种特异位点序列,其中一个位点序列包含编码的反转座子元件,另一个为冗余的基因组序列,可进一步将这两个序列开发为 STS 标记,应用于荞麦种质资源遗传多样性分析、种子纯度鉴定、遗传图谱构建和分子标记辅助育种。