三角鲂肝脏EST序列微卫星信息分析

• 作者: 冯晓宇 刘凯 刘新轶 姚桂桂 潘彬斌 谢楠
• 来源期刊: 江西农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 三角鲂 表达序列标签 微卫星 序列分析
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 87-91
• 页数: 5页
• 分类号: Q785
• 字数: 3464字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19386/j.cnki.jxnyxb.2016.06.18

摘要

利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析.结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1％.在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1～2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短重复序列为主,间隔SSR和复合SSR的EST序列RPKM均值低于单纯型SSR的EST序列RPKM均值,且在单纯型SSR中SSR长度越长,其RPKM均值则越低.因此,对富含SSR位点的EST序列的挖掘将为开发SSR特异性标记,并应用于三角鲂生物多样性和选育提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢楠		84	192	7.0	11.0
2	冯晓宇		129	259	8.0	13.0
3	刘凯		47	91	6.0	7.0
4	姚桂桂		28	50	5.0	6.0
5	刘新轶		58	118	7.0	9.0
6	潘彬斌		19	39	4.0	6.0