丹参EST序列中微卫星分布特征分析

• 作者: 李廷春 林毅 樊洪泓
• 来源期刊: 安徽农业大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 丹参 EST SSR 特征
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 页码范围: 493-497
• 分类号: Q75|R28
• 语种: 中文

摘要

为了开发丹参表达序列标签微卫星(EST-SSR)功能性分子标记,从公共数据库GenBank中下载获得丹参EST序列10288条,在剔除低质量和冗余的序列后,得到全长为292.561 kb的无冗余EST序列5073条.在这些序列中共发掘出628个SSR,分布在528条EST中,出现频率是10.4%,平均长度为14.47 bp,平均分布频率为每0.47 kb分布一个SSR位点,其中含SSR位点的EST长度主要分布于401～600 bp与601～800 bp之间.在检索出的SSRs中,二核苷酸是主要重复类型,占SSR总数的72.45%;其次是三核苷酸,占SSR总数的26.75%.二核苷酸类型(AG)n、(AT)n和(AC)n和三核苷酸类型(AAG)n、(AGC)n基元是SSR的主要重复类型.本研究为丹参EST-SSR标记的开发和进一步应用提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林毅	安徽农业大学生命科学学院	139	2078	27.0	38.0
2	李廷春	安徽农业大学生命科学学院	15	221	8.0	14.0
4	樊洪泓	安徽农业大学生命科学学院	42	540	13.0	22.0