杨树微卫星序列对基因表达频率的影响及表达序列中微卫星特征的分析

• 作者: 刘菁菁 尹佟明 戴晓港 李淑娴 王洁
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 杨树 基因区微卫星 基因表达 基因存活
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 11-14
• 分类号: S722
• 字数: 3284字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.2011.01.003

摘要

微卫星是真核生物基因组中的一类高度重复的序列,一般分布在内含子区和基因间隔区中,但基因编码区也含有一定数量的微卫星.为探讨含有微卫星的基因表达频率是否偏低,对NCBI公共数据库中的421 725条杨树EST序列进行了分析,结果发现:其中53 524条EST序列中含有微卫星,含微卫星的EST序列比例是12.69%;而杨树基因组注释的45 555个基因中,有6 953个基因含有微卫星,含微卫星的基因占基因总数的比例为15.26%.对两样本频率进行差异显著性检验,结果显示微卫星在表达序列中的发生频率显著低于在注释基因中的发生频率(p<0.01),这说明含有微卫星的基因总体上表达水平偏低.而对表达序列中微卫星的特征进行分析的结果显示,三碱基重复微卫星含量最丰富.在此,笔者提出了基因组中含有微卫星的基因可能总体表达水平偏低的假说,并利用杨树公共数据库中海量DNA序列对这一假说进行了验证.