栲属EST序列中微卫星含量及特征

• 作者: 伍艳芳 徐海宁 江香梅 汪信东 王建 郑永杰
• 来源期刊: 安徽农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 栲属 EST-SSR 微卫星 重复单元
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 林学
• 页码范围: 630-634
• 分类号: S718.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20160712.019

摘要

采用生物信息学方法对栲属Castanopsis (D.Don) Spach EST序列中微卫星DNA的含量、分布、碱基组成和频率等进行了分析.通过搜索,在3354条栲属EST序列中共查找到802个SSR位点,平均1.733 kb核苷酸序列分布一个SSR位点,其中有74.56％的SSR位点分布于长度为500～799 bp的EST序列.栲属EST-SSR的主要重复类型为二核苷酸,占SSR总数的42.39％.此外,A/T (97％)、AG/CT(80％)、AAG/CTT(30％)分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元.现有栲属EST-SSR的长度分布于10-224 bp之间,重复数总平均为9.11次,其中有29.30％的EST-SSR长度大于20 bp.研究结果表明,栲属EST-SSR具有丰富的多态性,可利用栲属EST-SSR序列开发一批具有应用价值的SSR分子标记供遗传多样性研究所用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	江香梅	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	100	1183	20.0	29.0
2	徐海宁	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	31	161	6.0	11.0
3	汪信东	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	8	19	3.0	4.0
4	伍艳芳	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	18	149	6.0	12.0
5	郑永杰	江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心	8	15	3.0	3.0
6	王建	江西农业大学林学院	1	0	0.0	0.0