基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析

• 作者: 刘亚 杜军 赖见生 赵刚 陈叶雨 龚全
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 高通量测序 岩原鲤 转录组
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧·水产
• 页码范围: 1743-1749
• 页数: 7页
• 分类号: S917.4
• 字数: 4921字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2016.07.043

摘要

为获得岩原鲤转录组信息,发掘功能基因,本研究采用Illumina高通量测序技术对岩原鲤全组织转录组进行测序.结果获得64 257 918个EST序列,经拼接和组装得到83 252条单基因序列(unigene),平均长度787 bp,长度范围201 ～ 16 572 bp.利用NCBI的蛋白质非冗余数据库(Nr)对所有unigene进行相似性搜索,共有37 157条unigene(44.63％)与数据库中的已知序列同源.利用Blast2GO v2.5软件对unigene进行注释,共得到29 919条(35.93％)注释基因,根据GO功能分类将其分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类.经KOG注释及分类,共有17 869条(21.49％)unigene成功注释到真校直系同源组中,并将其分为26个功能组分.经KEGG代谢通路分析可分为5大类(细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统)32小类共267个代谢通路.本研究通过高通量测序技术,对岩原鲤转录组进行测序,获得了大量的转录组信息,为岩原鲤功能基因克隆及基因组学研究提供了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杜军	四川省农业科学院水产研究所	24	126	7.0	9.0
2	刘亚	四川省农业科学院水产研究所	9	29	3.0	5.0
3	赵刚	四川省农业科学院水产研究所	17	95	6.0	9.0
4	陈叶雨	四川省农业科学院水产研究所	6	10	2.0	3.0
5	赖见生	四川省农业科学院水产研究所	12	70	6.0	8.0
6	龚全	四川省农业科学院水产研究所	24	219	8.0	14.0