基于CUDA的生物序列数据算术编码并行压缩

• 作者: 张武 束俊辉 许俊富 谢江 项超娟 顾永立
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 算术编码 生物序列 数据压缩 CUDA
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 应用技术与研究
• 页码范围: 26-29,83
• 页数: 5页
• 分类号: TP3
• 字数: 4200字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386x.2016.12.007

摘要

随着下一代生物序列测序技术的发展，大文件生物序列数据越来越常见。虽然压缩序列数据能减少数据存储空间，但是传统的数据压缩的方法很难快速完成大规模的序列压缩，因此如何缩短数据压缩时间是当前压缩技术研究的一个重要方向。采用CUDA 技术实现算术编码，分析核苷酸生物序列数据特性，给出不同物种及数据库生物序列数据集中核苷酸的分布概率，提出并比较三种并行压缩方法，指出先验概率的并行压缩方法具有更好的压缩性能。实验结果表明，先验概率的并行压缩方法不仅具有较高的时间效率，而且也能保持较高的数据压缩率，能较好地解决大规模生物序列文件的高效快速压缩问题。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张武	上海大学计算机工程与科学学院	94	574	11.0	20.0
2	谢江	上海大学计算机工程与科学学院	31	185	5.0	13.0
3	顾永立		2	5	2.0	2.0
4	束俊辉	上海大学计算机工程与科学学院	2	2	1.0	1.0
5	许俊富	上海大学计算机工程与科学学院	2	8	2.0	2.0
6	项超娟	上海大学计算机工程与科学学院	2	8	2.0	2.0