基于互信息的显著基因提取及转录调控网络构建

• 作者: 孔薇 支星 牟晓阳
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 阿尔茨海默症(AD) 互信息(MI) 转录因子(TF) 网络成分分析(NCA)
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 算法
• 页码范围: 235-239
• 页数: 5页
• 分类号: TP391.9|Q343.1
• 字数: 5862字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386x.2016.06.057

摘要

传统特征基因提取方法往往只注重单个基因在不同样本中的表达差异，忽视了基因之间的关联性以及多个致病基因作为一个基因模块与复杂疾病的联系。针对这种情况，提出基于互信息MI（Mutual Information）的特征基因提取算法，提取在健康对照和阿尔茨海默症AD（Alzheimer’s disease）患病样本中关联度具有明显差异变化的基因作为特征基因。在此基础上，结合转录因子TF（Transcription factor）对靶基因TG（Target gene）调控的生物学先验信息，利用网络成分分析NCA（Network Component Analysis）算法分析转录因子的表达活性及其对靶基因的调控强度，构建AD特征基因的转录调控网络。分子生物学分析表明，它们在有丝分裂、细胞周期、免疫反应以及炎症反应过程中的变化对AD的退化过程具有重要作用。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孔薇	上海海事大学信息工程学院	30	46	3.0	4.0
2	支星	上海海事大学信息工程学院	1	3	1.0	1.0