荞麦根的转录组学分析及黄酮合成基因的鉴定

• 作者: 邓娇 陈庆富 黄娟
• 来源期刊: 中国农业科技导报
• 学科: 农学
• 关键词: 荞麦 转录组 从头组装 差异基因 黄酮合成基因
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术 生命科学
• 页码范围: 9-19
• 页数: 11页
• 分类号: S517
• 语种: 中文
• DOI: 10.13304/j.nykjdb.2016.206

摘要

荞麦基因资源相对匮乏.以甜荞根和金养根为材料,利用Illumina HiSeqTM 2000对其进行转录组测序,经过de novo从头组装得到64 618条Unigene,其中37 546条基因得到了有效注释.对甜荞根和金荞根中的差异基因进行筛选,共获得了4 709个差异基因,其中2 460个上调表达,2 249个下调表达.这些差异基因的GO注释集中在10个细胞组分(cellular component)、12个分子功能(molecular function)和22个生物学过程(biological process)中.对差异基因参与的代谢途径进行富集,上调基因中共有40个代谢途径显著富集,下调基因中共有18个代谢途径显著富集,这些显著富集的代谢途径参与甜荞根和金荞根的生物学调控.最后对转录组中注释到黄酮合成途径中的关键基因进行了分析,共有21个基因注释到黄酮合成途径中的关键酶.不仅丰富了荞麦的基因资源,为荞麦分子生物学研究提供数据基础,也为筛选甜荞根和金荞根中相关基因的表达趋势提供参考依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈庆富		170	1308	15.0	28.0
2	黄娟		29	83	5.0	8.0
3	邓娇		17	18	3.0	3.0