基于生物信息学方法的胰腺导管腺癌预后风险标志物筛选

• 作者: 夏华 孙维佳 张志鹏 陆晔斌 陈泓西
• 来源期刊: 中国普通外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胰腺肿瘤 癌,导管 生物标记,肿瘤 计算生物学
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 专题研究
• 页码范围: 1097-1104
• 页数: 8页
• 分类号: R735.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3978/j.issn.1005-6947.2017.09.004

摘要

目的:应用生物信息学方法筛选胰腺导管腺癌的预后风险标志物.方法:从TCGA数据库下载胰腺导管腺癌患者的临床资料、miRNA和基因表达谱数据.然后应用弹性网络Cox比例风险回归(EN-Cox)模型、受试者工作特征(ROC)曲线和生存分析筛选出与胰腺导管腺癌预后风险明显相关的miRNA和基因.最后,对筛选到的预后风险基因与miRNA的潜在靶基因进行文献挖掘及功能分析.结果:经过数据预处理,共得到137例胰腺导管腺癌患者的完整临床资料及797个miRNA和19 969个基因表达谱数据.基于λ=0.107的参数值,EN-Cox分析筛选出了包括54个基因和5个miRNA在内的59个潜在的预后风险因素;根据ROC曲线确定病例分组的截断值,并绘制Kaplan-Meier曲线,最后共筛选出17个胰腺导管腺癌预后风险标志物(均P＜0.05),包括16个基因和1个miRNA(miRNA-125a).在16个预后风险基因中,谷胱甘肽S转移酶μ4(GSTM4)、可诱导T细胞共刺激分子配体(ICOSLG)、精子发生相关2(SPATA2)同时又是miRNA-125a的靶基因;只有GATA结合蛋白1(GATA1为转录因子编码基因.结论:所筛选的因子在胰腺癌中的作用还有待阐明,并有望成为判断胰腺导管腺癌预后的指标及治疗靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙维佳	中南大学湘雅医院胆胰外科	69	396	9.0	16.0
2	夏华	中南大学湘雅医院胆胰外科	5	21	3.0	4.0
3	张志鹏	中南大学湘雅医院胆胰外科	12	83	5.0	9.0
4	陈泓西	中南大学湘雅医院胆胰外科	4	14	2.0	3.0
5	陆晔斌	中南大学湘雅医院胆胰外科	20	114	6.0	10.0