基于生物信息学的胰腺导管腺癌预后风险长链非编码RNA筛选

• 作者: 夏华 孙维佳 张志鹏 陆晔斌 陈泓西
• 来源期刊: 中国普通外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 胰腺肿瘤 癌,导管 RNA,长链非编码 生物标记,肿瘤 计算生物学
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1126-1134
• 页数: 9页
• 分类号: R735.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.7659/j.issn.1005-6947.2018.09.007

摘要

目的:应用生物信息学方法筛选胰腺导管腺癌的预后风险长链非编码RNA(lncRNA).方法:从癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库下载胰腺导管腺癌患者的RNA-seq Level 2数据及其临床信息.根据NCBI Gene数据库及GENCODE v7数据库的基因注释信息,将下载的mRNA和lncRNA测序数据进行重新注释.然后应用R软件的edgeR包和limma包筛选差异表达的mRNA和lncRNA,并对它们进行相关性分析,进而获得lncRNA-mRNA有统计学意义的共表达关系对,并将其中的mRNA定义为lncRNA的靶基因.通过R软件clusterProfiler包对lncRNA的靶基因进行功能富集分析,以推测lncRNA的生物学功能.最后,绘制差异表达lncRNA的Kaplan-Meier曲线,筛选出与胰腺导管腺癌预后风险相关的lncRNA.结果:经过基因重新注释,共得到19791个mRNA和1623个lncRNA的测序数据,随后共筛选得到260个差异表达的mRNA和15个差异表达的lncRNA.经过相关性分析,共得到包括5个lncRNA和24个mRNA在内的24个有统计学意义的共表达关系对.其中lncRNA LINC00857有6个靶基因,分别为C1orf116、ESRP1、GPRC5A、LIPH、MAL2和PLS1.根据lncRNA靶基因的功能富集分析,推测LINC00857主要富集于磷脂酶活性、细胞骨架结构组成和脂肪酶活性.生存分析发现,CASC8和LINC00857与胰腺导管腺癌的预后风险明显有关(P=0.0052、P=0.027).结论:CASC8和LINC00857可能是胰腺导管腺癌的预后风险lncRNA,有望在今后的研究中成为胰腺导管腺癌新的预后监测指标.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙维佳	中南大学湘雅医院胆胰外科	69	396	9.0	16.0
2	夏华	中南大学湘雅医院胆胰外科	5	21	3.0	4.0
3	张志鹏	中南大学湘雅医院胆胰外科	12	83	5.0	9.0
4	陈泓西	中南大学湘雅医院胆胰外科	4	14	2.0	3.0
5	陆晔斌	中南大学湘雅医院胆胰外科	20	114	6.0	10.0