大黄鱼转录组水平miRNA的生物信息学分析

• 作者: 房路京 王志勇 肖世俊
• 来源期刊: 集美大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: miRNA 大黄鱼 转录组 生物信息
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 水产、食品与生物技术
• 页码范围: 8-17
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4
• 字数: 5051字
• 语种: 中文

摘要

根据成熟miRNA序列在物种间高度保守的特性,miRNA前体可以形成茎环状的二级结构,以及miRNA非编码的特性,搭建出了miRNA挖掘的生物信息学流程,并利用此流程在大黄鱼全转录组中进行miRNA的挖掘,得到54条成熟miRNA序列以及54条前体序列(pre-miRNA),根据其种子区的序列将其归为29个miRNA家族.通过对预测得到的miRNA前体序列同其他物种中相同家族的miRNA前体序列构建系统进化树,揭示出同一家族的miRNA前体在不同物种之间的保守性和多样性.利用两种靶基因预测软件,对成熟miRNA进行靶基因预测,共得到2360个靶基因,并对这些靶基因使用BLAST2GO做了进一步的GO注释和富集分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王志勇	集美大学水产学院	86	1707	22.0	39.0
5	肖世俊	集美大学水产学院	5	94	3.0	5.0
9	房路京	集美大学水产学院	1	1	1.0	1.0