部分鸡种Brd2基因SNP和INDEL分析

• 作者: 万方 吴允 常国斌 张扬 徐琪 徐璐 朱鹏飞 李志腾 毕榆林 郭晓敏 陈国宏
• 来源期刊: 安徽农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸡 Brd2基因 SNP Indel 进化树
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学与动物医学
• 页码范围: 203-207
• 页数: 5页
• 分类号: S831.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20170419.020

摘要

Brd2 (bromodomain containing protein2)基因位于MHC (major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同鸡种Brd2基因的SNP和Indel位点具有重要意义.试验选取我国26个优良的地方鸡种,对Brd2基因进行目标捕获测序,以NCBI中原鸡(Gallus gallus)的Brd2基因序列为参照,筛选出Brd2基因外显子和内含子中的SNP和Indel以及氨基酸的改变位点,最后制作进化树.在26个鸡种中,Brd2基因的外显子筛选出25个SNP位点,没有检测到Indel位点;内含子筛选出30个Indel位点,没有筛选出SNP位点;外显子中氨基酸仅有4个发生错义突变,其余均发生同义突变.从进化树看出,26个鸡种分为3大类:安卡鸡、雪山草鸡、文昌鸡、北京油鸡和萧山鸡类聚在一起;秦和乌骨鸡、SPF-来航鸡、河南斗鸡和广西黄鸡类聚在一起;剩余的鸡种类聚在一起,但同源性相对较低.在我国优质鸡种中Brd2基因具有一定的保守性,不同鸡种同源性较低.