黄鳝EST-SSR标记的开发 及其通用性检测

• 作者: 何明杰 张飞飞 徐敏 赖崇德 钟其旺 陈志永 陈璇 隗黎丽
• 来源期刊: 江西农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黄鳝 表达序列标签 微卫星 通用性
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术与工程
• 页码范围: 792-800
• 页数: 9页
• 分类号: S966.4
• 字数: 4590字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13836/j.jjau.2017103

摘要

利用SSRrepeat软件对NCBI数据库中黄鳝肠道EST序列进行挖掘、验证,分析微卫星(SSR)在这些序列中的总体分布特点,并开发黄鳝EST-SSR引物.结果显示,在黄鳝肠道的814条EST序列中共搜索到51个SSR位点,分布在43条EST中,出现频率为6.27%.这些EST-SSR的平均长度为18.80 bp.其中,三核苷酸重复为主导类型,占总SSR的49.02%,其次为二核苷酸重复,占29.41%.四、五、六碱基重复序列分别占微卫星总数的3.92%、11.76%、5.88%.多态性引物验证结果表明,在设计合成的21对EST-SSR引物中,12对在黄鳝中获得有效扩增.其中7对引物显示出多态性,共扩增出29个等位基因;每个位点等位基因数为2~7个(平均4.14),观测杂合度(Ho)为0~0.8571,期望杂合度(He)为0.1351~0.8227,多态信息含量(PIC)为0.1238~0.7811.在鲤形目和鲈形目中进行的跨物种扩增结果表明,12对引物中有7对引物在5个不同物种间得到成功扩增,5对引物在个别物种间表现出多态.研究获得的EST-SSR引物,可用于黄鳝的种资资源评价及遗传结构研究.