甘蓝型油菜PPR家族生物信息学分析与新疆野生油菜候选育性基因克隆

• 作者: 官春云 谭晖
• 来源期刊: 作物研究
• 学科: 生物学
• 关键词: 新疆野生油菜 生物信息学 育性 基因克隆
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 246-255
• 页数: 10页
• 分类号: Q78
• 字数: 7168字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16848/j.cnki.issn.1001-5280.2017.03.08

摘要

通过隐马尔可夫模型从甘蓝型油菜基因组中获取1079条PPR家族蛋白序列,使用拟南芥PPR家族特征模型对其进行分类,同时进行聚类、染色体分布、亚细胞定位预测、功能注释等分析.结合不育系与恢复系分子标记筛选了定位于C09染色体的PPR基因GSBRNA2T00094406001(命名为BnPPR_C09)为新疆野生油菜潜在育性调节基因.通过分子克隆的方法从新疆野生油菜不育系1193A和恢复系1193R中分别克隆获得了长度为2514bp的cDNA序列,序列分析显示来源于1193A的BnPPR_C09基因(BnPPR_C09b)相对源于1193R的BnPPR_C09a在+ 1725 bp位置存在单碱基缺失,造成移码突变,二者预测蛋白的生物信息学分析显示BnPPR_C09b蛋白的N端因为移码突变导致翻译过程在+ 1800位置终止,后续大量功能元件缺失,该位点的突变可能决定新疆野生油菜育性.