桃蛀螟实时荧光定量PCR内参基因的筛选

• 作者: 何林 徐志峰 杨苓 肖伟 胡晓静
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 桃蛀螟 内参基因 基因筛选 表达稳定性 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 1266-1277
• 页数: 12页
• 分类号: Q966
• 语种: 中文
• DOI: 10.16380/j.kcxb.2017.11.004

摘要

[目的]筛选特定条件下桃蛀螟Conogethes punctiferails稳定表达的内参基因,为桃蛀螟基因定量研究奠定基础.[方法]参考文献报道,并根据桃蛀螟转录组测序结果筛选出β-肌动蛋白基因ACT、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因GAPDH、核糖体蛋白49基因RP49、α-微管蛋白基因α-tub、核糖体蛋白L13基因RPL13和液泡型ATP合酶基因V-A TPase等6个候选基因.再利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术测定6个候选基因在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中的表达量;然后通过ACt法,GeNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder 5个软件对6个候选基因的稳定性进行评估;最后以桃蛀螟嗅觉受体基因(olfactory receptor co-receptor,Orco)和性信息素结合蛋白基因(pheromone binding protein1,PBP1)为目的基因,验证6个候选基因分别在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中的的稳定性.[结果]△Ct法,GeNorm,NormFinder和BestKeeper分析结果表明,4个软件对6个候选基因稳定性的排序相似,在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中稳定性较高的3个基因为RP49,RPL 13和GAPDH;同时4个软件均判定ACT的稳定性最低.进一步利用RefFinder进行综合分析,结果显示,在桃蛀螟成虫不同组织中,最稳定的基因为RPL 13,其次为RP49;而在不同发育时期,最稳定的基因为RP49,其次为GAPDH.另外经GeNorm软件计算得出,在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中桃蛀螟内参基因的最佳数目为2.最后,以嗅觉受体基因Orco和PBP1为目的基因,对筛选出的候选基因的稳定性进行验证,发现当使用RPL13和RP49以及RP49和GAPDH作为内参基因时,Orco及PBP1的表达量规律一致,并与桃蛀螟生活习性及前人研究结果一致;而使用ACT作为内参基因计算得到的Orco和PBP1表达量则不规律.[结论]在不同发育时期桃蛀螟基因定量研究中建议以RP49和GAPDH作为内参基因,而在桃蛀螟成虫不同组织中基因定量研究中建议以RPL13和RP49作为内参基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何林	西南大学植物保护学院	46	471	12.0	20.0
2	肖伟	西南大学植物保护学院	19	77	6.0	8.0
3	徐志峰	西南大学植物保护学院	3	17	3.0	3.0
4	杨苓	西南大学植物保护学院	1	7	1.0	1.0
5	胡晓静	西南大学植物保护学院	1	7	1.0	1.0