基于OpenCL的RNA二级结构预测算法

• 作者: 施慧彬 汪方良
• 来源期刊: 计算机技术与发展
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构预测 假结 OpenCL 异构计算
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 智能、算法、系统工程
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: TP311
• 字数: 5410字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-629X.2017.09.001

摘要

包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题.为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法.该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可达到0.775,阳性预测率可达到0.8225.针对基于遗传算法带假结的RNA二级结构预测低效的问题,提出了基于OpenCL的异构并行加速算法.该算法在分析串行算法并行性的基础上,在种群迭代进化阶段进行异构加速,并基于GPU设备和OpenCL编程框架改进算法过程.为验证所提算法的可行性和有效性,基于相同的测试集进行了实验测试.测试结果表明,相对于串行算法,改进后的异构并行加速算法平均可实现2.72倍的速度提升,有效降低了RNA二级结构预测的耗时,提高了算法模拟预测效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施慧彬	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	26	100	5.0	8.0
2	汪方良	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	2	2	1.0	1.0