基于启发式算法预测含假结RNA二级结构的研究进展

• 作者: 晁江涛 马春森
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 启发式算法 假结 RNA二级结构 预测
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 157-163
• 分类号: Q811
• 字数: 7420字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2011.02.015

摘要

RNA二级结构的预测算法研究已有近40年的发展历程,研究假结也将近30年的历史.在此期间,RNA二级结构的预测算法取得了很大进步,但假结预测的正确率依然偏低.其中启发式算法能较好地处理复杂假结,使其成为率先解决假结预测难题可能性最大的算法.迄今为止,未见系统地专门总结预测假结的各种启发式算法及其优点与缺点的报道.本文详细介绍了近年来国际上流行的贪婪算法、遗传算法、ILM算法、HotKnots算法以及FlexStem算法等五种算法,并总结分析了每种算法的优点与不足,最后提出在未来一段时期内,利用启发式算法提高假结预测准确度应从建立更完善的假结模型、加入更多影响因素、借鉴不同算法的优势等方面入手.为含假结RNA二级结构预测的研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马春森	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	51	758	17.0	26.0
2	晁江涛	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	3	10	2.0	3.0