基于RNA-Seq的镉、铅胁迫下间作续断菊根差异基因的转录组分析

• 作者: 李元 梅馨月 湛方栋 祖艳群 蒲麟陇
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 学科: 地球科学
• 关键词: 间作 续断菊 重金属 转录组
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 土壤肥力·农业生态
• 页码范围: 324-333
• 页数: 10页
• 分类号: X53
• 字数: 8454字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201702021

摘要

[目的]初步探索间作系统中重金属超富集植物续断菊对镉、铅吸收、转运、结合的分子机制,为进一步进行超富集植物续断菊转录组差异表达基因分析及耐重金属相关基因、重金属转运相关基因挖掘奠定基础.[方法]本研究采用RNA-Seq技术对间作系统中续断菊根组织转录组进行分析.[结果]通过Illumina HiSeqTM 2000测序和De novo组装共得到19.23 GB的过滤后数据和65 357个续断菊根Unigenes,对差异显著的基因进行分析共得到上调的基因有52个,下调的有116个.对获得的Unigenes进行功能注释,在Nr、Swissprot、KOG和KEGG四大数据库共注释到44 059个.[结论]间作显著提高了续断菊生物量、镉铅含量和转运系数;GO功能富集分析显示:差异表达基因归类为生物学过程、细胞组分和分子功能,间作使得续断菊对与重金属镉、铅的吸收、转运和结合的相关基因表达量有显著影响,结合和吸收功能增强;KEGG Path-way富集分析表明:这些差异表达基因主要参与生物素代谢、氧化磷酸化、自噬调控等途径.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	湛方栋	云南农业大学资源与环境学院	101	610	13.0	20.0
2	祖艳群	云南农业大学资源与环境学院	215	2995	29.0	48.0
3	李元	云南农业大学资源与环境学院	207	3117	29.0	48.0
4	梅馨月	云南农业大学资源与环境学院	9	36	3.0	6.0
5	蒲麟陇	云南农业大学资源与环境学院	2	0	0.0	0.0