独行菜LaAP2基因克隆、生物信息学分析及表达分析

• 作者: 曾卫军 朱艳蕾 李艳红 李金玉 葛风伟 赵惠新
• 来源期刊: 广西植物
• 学科: 生物学
• 关键词: 独行菜 AP2/ERF转录因子 LaAP2基因克隆 序列分析 表达分析 低温耐受 分子生物学
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 植物生理与分子生物学
• 页码范围: 762-770
• 页数: 9页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 3948字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201710028

摘要

AP2/ERF是广泛存在于植物中一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力.为了深入探讨LaAP2在独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能,该研究基于前期对独行菜(Lepidium apetalum)转录组数据库分析,克隆获得一个显著上调表达的AP2/ERF家族序列LaAP2.该基因cDNA全长为1 005 bp,编码氨基酸序列包含一个AP2和一个B3结构域,属于AP2/ERF转录因子RAV亚家族.推定的LaAP2蛋白分子量为37.744 67 kD ,等电点为9.49.该蛋白氨基酸序列同亚麻荠、拟南芥、油菜等物种显示出较高同源性,系统进化分析结果表明与拟南芥亲缘关系较近.氨基酸序列分析预测表明,LaAP2基因所编码的蛋白不具备信号肽区段,无跨膜区,不属于分泌蛋白,可能为亲水性蛋白;定位于细胞质的可能性为56.5%,定位于细胞核的可能性为21.7%;其主要二级结构元件为无规则卷曲、延伸链、α-螺旋.Real-time PCR分析独行菜幼苗中 LaAP2 在低温4 ℃处理下的表达,显示LaAP2表达受低温胁迫呈先下降后升高趋势.这表明LaAP2在独行菜幼苗抵抗低温胁迫中起调控作用.