利用Illumina MiSeq测序平台分析野生树鼩粪便微生物多样性

• 作者: 吕龙宝 张庆宇 张飞燕 王芸 赵玲 邬继文 金洁 马玉华
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 野生树鼩 粪便 高通量测序 优势菌群
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 786-792
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 5210字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2018.06.018

摘要

目的 应用高通量测序技术分析野生树鼩粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验动物奠定基础.方法 在云南昆明野外捕捉3只野外成年雄性树鼩,采取粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对树鼩粪便微生物进行研究.结果 共测序获得181657条有效序列与624个OTU,shannon稀释曲线证明此次测序量能够覆盖样本中的绝大部分物种.树鼩粪便中的细菌共鉴定出9个门、17个纲、31个目、56个科、124个属和172个种.其中,(1)优势门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别为68.38％和20.52％;(2)丰度最高的纲为为芽孢杆菌纲(Bacilli)54.81％和拟杆菌纲(Bacteroidia)20.52％;(3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01％和20.52％;(4)优势菌科为链球菌科(Streptococcaceae)和普雷沃氏菌科(Prevotellaceae),为40.52％和12.13％;(5)乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus)的丰度最高,分别为20.03％和19.62％;(6)有益菌群如乳酸杆菌属、乳球菌属丰度相对较高,双歧杆菌属丰度较低,但在所检测样本中都含有;(7)16 s功能预测发现:氨基酸转运与代谢、碳水化合物转运与代谢等功能丰度较高.结论 应用高通量测序技术,第一次较全面的检测了野生树鼩粪便菌群,野生树鼩粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵玲	中国科学院昆明动物研究所	25	216	7.0	13.0
2	王芸	中国科学院昆明动物研究所	19	125	5.0	11.0
3	吕龙宝	中国科学院昆明动物研究所	37	95	5.0	9.0
7	张飞燕	中国科学院昆明动物研究所	10	12	2.0	3.0
8	金洁	中国科学院昆明动物研究所	10	13	2.0	3.0
9	邬继文	中国科学院昆明动物研究所	11	9	1.0	2.0
10	马玉华	中国科学院昆明动物研究所	12	18	3.0	4.0
11	张庆宇	中国科学院昆明动物研究所	3	9	2.0	3.0