基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析

• 作者: 刘承贵 夏亚兰 张林甦 蒙慧彤
• 来源期刊: 黔南民族医专学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛇足石杉 转录组 单核苷酸多态性 简单重复序列 分子标记
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 235-238,242
• 页数: 5页
• 分类号: Q943
• 字数: 2969字
• 语种: 中文

摘要

目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析.方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物.结果:共发现50388个SNP位点,转换占64.2％,颠换占35.8％.共筛选出11934条SSR,分布在9358个unigene中,其中含有两条以上SSR的unigene有1786个.二核苷酸重复出现频率最多,占总SSR47.6％,三核苷酸重复占31.2％,六核苷酸重复占10％、单核苷酸重复占4.2％、四核苷酸重复占3.9％,最少的是五核苷酸重复占3.1％.结论:蛇足石杉具有较丰富的SNP和SSR标记,为其品种鉴定、种质培育等研究奠定了基础.