基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析

• 作者: 傅建敏 刁松锋 孙鹏 李芳东 杜改改 索玉静 韩卫娟
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 柿 转录组测序 SSR标记 重复基元 SNP
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 页码范围: 45-55
• 页数: 11页
• 分类号: S665.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2017.10.05

摘要

为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘.结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49％unigene在数据库中得到注释.利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63％),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23％),再次是以AAG/CTT类型为主的三核苷酸重复(5 402个,占12.87％)和以AAAG/CTTT类型为主的四核苷酸重复(500个,占1.19％).在转录组得到的unigene中共发现SNP 405 685个,发生频率为1/253 bp.6种单核苷酸变异中,转换类型发生频率显著高于颠换类型,转换类型中的C/T(31.51％)和A/G(31.41％)发生频率最高,在颠换类型中A/T发生频率最高.柿SSR和SNP的位点是非常丰富的,可为柿遗传图谱构建、遗传多样性和亲缘关系研究提供丰富的基础数据信息.