油茶转录组测序与SSR特征分析

• 作者: Peng Yinghe 力王 唐炜 张震 彭映赫 彭邵锋马 李志钢 王湘南 瑞李美群 许彦明 陈永忠 陈隆升
• 来源期刊: 西南林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 油茶 转录组 测序 SSR特征
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 63-68
• 页数: 6页
• 分类号: S794.4
• 字数: 4712字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11929/j.issn.2095-1914.2018.06.008

摘要

以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价.结果表明:油茶转录组中发现104515个SSR,分布在80724条Unigene中,分布密度为1/1.48 kb,平均出现频率为33.58％.主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸,A/T和AG/CT是优势重复基元,重复比例最高的是10次.基序长度主要分布在12～20 bp之间,占总数的51.71％.油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、 丰富的类型和较好的多态性潜力.