基于不结球白菜转录组EST-SSR标记开发及多态性分析

• 作者: 何晓丽 孙笠维 杜志杰 杨丹青 林义章 王树彬 邵贵荣 钟凤林
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 不结球白菜 EST-SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 13-21
• 页数: 9页
• 分类号: S634.3
• 字数: 4480字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2020.01.002

摘要

由转录组测序信息获得的EST-SSR标记具有通用性好、保守性高、多态性丰富、共显性遗传等优点,广泛应用于植物种质资源的遗传多样性分析.本研究通过对不结球白菜(Brassica rapa ssp.chinensis)转录组高通量测序,挖掘SSR位点和开发EST-SSR标记,并进行引物的初步验证及其多态性分析.在不结球白菜转录组的48817条Unigene序列中共搜寻到17009个SSR位点,发生频率为18.44％,SSR分布频率为34.84％.不结球白菜SSR位点共包括212种重复基元.其中,单、二和三核苷酸重复为不结球白菜转录组SSR的主要类型,占SSR总量的98.31％.单核苷酸重复最多,占总量的39.70％,其优势重复单元为T/A(26.83％).利用Primer Premier 3.0设计EST-SSR引物,在批量设计的引物中随机挑选40对进行合成并初步验证,25对引物在92份不结球白菜种质资源中均能扩增出预期大小的条带.其平均等位基因数3.72个,有效等位基因数(effective number of alleles,Ne)、Shannon's指数(Shannon's index,I)、多态性信息指数(polymorphism information content,PIC)和基因多样性(gene diversity,GD)分别为2.7108、0.9991、0.4884和0.5452.所获得的EST-SSR引物可为不结球白菜及芸薹属其他植物的遗传结构分析、种质资源利用及遗传图谱构建提供有效的分子标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林义章	福建农林大学园艺学院	77	941	15.0	27.0
2	杨丹青	福建农林大学园艺学院	2	0	0.0	0.0
3	邵贵荣		3	4	1.0	2.0
4	王树彬	福建农林大学园艺学院	5	16	2.0	4.0
5	何晓丽	福建农林大学园艺学院	1	0	0.0	0.0
6	杜志杰	福建农林大学园艺学院	1	0	0.0	0.0
7	孙笠维	福建农林大学园艺学院	1	0	0.0	0.0