癌症TCGA数据库中乳腺癌预后数据的挖掘

• 作者: Mian Khizar Hayat 李硕磊 王铭裕
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌症基因组图谱数据库 乳腺癌 差异表达基因 预后
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 62-66
• 页数: 5页
• 分类号: R737.9
• 字数: 4135字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2018.04.062

摘要

近年来,乳腺癌发病率逐渐上升,并且呈现出年轻化趋势.使用TCGA数据库中已有的基因信息筛选鉴定出与乳腺癌预后相关的基因.为排除癌组织和正常组织取样时间不同造成的差异,我们选取了113对同时检测乳腺癌区和其相对应癌旁正常组织的样品,从TCGA数据库调取转录组数据,对这些数据通过DEseq进行差异表达分析,筛选出1428个差异表达基因.对差异表达基因进行基因本体GO,代谢通路KEGG,疾病本体DO和富集分析获得68个与乳腺癌相关的差异表达的关键基因;采用数据库中所用癌症的表达数据(共1097例)对这些乳腺癌相关基因进行总生存率分析,筛选出8个与乳腺癌预后相关的基因.结果显示在乳腺癌病人中PGLYRP2、SEMA3G、PROL1及SLC7A3的高表达伴随着乳腺癌病人的预后良好,而SKA1、BIRC5、RRM2和AURKA基因的高表达伴随着乳腺癌病人的预后不良.这8个基因有可能是乳腺癌预后相关的重要基因,这为乳腺癌病人的预后治疗提供了新的方向与思路,并可能通过调控基因水平来尽可能地控制预后.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王铭裕	兰州大学生命科学学院生物物理所	3	4	1.0	2.0
2	Mian Khizar Hayat	兰州大学生命科学学院生物物理所	1	1	1.0	1.0
3	李硕磊	兰州大学生命科学学院生物物理所	1	1	1.0	1.0