美洲南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 刘建汀 叶新如 张前荣 朱海生 李永平 林珲 温庆放 王彬 陈敏氡 黄丽芳
• 来源期刊: 中国细胞生物学学报
• 关键词: 美洲南瓜 转录组 SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 99-107
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11844/cjcb.2018.01.0240

摘要

该文对美洲南瓜(Cucurbita pepo L.)开展转录纽测序分析,共获得83 650条Unigene,利用MISA软件搜索1 Kb以上的15 356条Unigene,共检测出7 478个SSR位点,分布于5 786条Unigene中,出现频率为48.7％,平均分布距离为4.08 Kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的47.90％、20.57％和22.36％.二核苷酸重复基序中以AG/CT为优势重复基序,三核苷酸重复基序以AAG/CTT为主.利用Primer 3.0共设计出5 786对SSR引物.从114对有效扩增引物中随机选择50对引物,对28个美洲南瓜种质进行多态性验证分析,其中35对(占70％)引物表现稳定可重复的多态性.利用UPGMA作图,将28份供试材料分为2类.利用美洲南瓜转录组数据进行SSR标记开发能获得较高频率的SSR位点,且类型丰富,为美洲南瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李永平		64	330	11.0	15.0
2	温庆放		108	864	14.0	25.0
3	朱海生		53	277	10.0	14.0
4	林珲		33	137	8.0	11.0
5	张前荣		15	7	1.0	2.0
6	刘建汀		15	5	1.0	2.0
7	叶新如		8	4	1.0	2.0
8	王彬		18	5	1.0	2.0
9	陈敏氡		23	23	2.0	4.0
10	黄丽芳		3	0	0.0	0.0