苹果全基因组CRF家族成员鉴定及在不定根发育过程中的表达分析

• 作者: 刘桢 孟媛 左超然 张东 李珂 毛江萍 董凤 雷超 韩明玉
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 CRF 不定根发育 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 627-640
• 页数: 14页
• 分类号: S661.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2017-0443

摘要

通过生物信息学分析,从'金冠'苹果基因组鉴定得到了11个细胞分裂素响应因子(CRF)基因.根据基因在染色体上的位置,将其依次命名为MdCRF1 ～ MdCRF11,并对其进行理化特性、基因结构、系统进化和启动子元件分析.MdCRF编码的蛋白在137 ～ 435 aa之间,等电点在4.26 ～ 9.68之间.基因结构分析发现,MdCRF1有2个外显子1个内含子,MdCRF11有3个外显子2个内含子,其余基因都只含有外显子,没有内含子;保守基序列分析发现,MdCRF蛋白的保守基序数量在5 ～ 9.通过系统进化分析将家族成员分为G1、G2和G3共3个亚组,每个亚组内成员数量相对均匀.组织特异性表达分析发现11个基因在不同杂交种苹果和不同器官中的表达量存在明显差异.以苹果砧木'T337'为材料,qPCR验证了MdCRF家族基因大部分在根、茎、愈伤组织中高表达,同时也响应生根处理表达量发生显著下调.对11个MdCRF蛋白之间的网络调控关系进行了研究,分析预测了相关基因间的潜在联系.结合分析可知,其中MdCRF8、MdCRF10和MdCRF11可能参与调控苹果砧木不定根发育.