药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建

• 作者: 吴玉香 孙毅 张旭 段永红 雷海英
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苦参 EST-SSR 标记开发 遗传多样性 指纹图谱
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 页码范围: 21-31
• 页数: 11页
• 分类号: S567
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2018.09.03

摘要

为挖掘苦参优异种质资源,利用大宗药材苦参现有的EST资源开发EST-SSR标记,分析不同地理种源苦参的遗传多样性,构建其特有的DNA指纹图谱.通过生物信息学手段对NCBI数据库中苦参EST序列进行SSR查找,利用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,筛选多态性引物检测苦参样本DNA差异,采用UPGMA聚类分析样本的遗传多样性,并构建DNA指纹图谱.经分析得到92条Unigene,从中发掘出126个EST-SSR位点分布于61条Unigene上.SSR检出率为66.30％,平均分布距离为0.512 kb;共搜索到61种EST-SSR的重复基元,五核苷酸和六核苷酸重复是主要的重复类型,二者出现频率分别为68.25％和25.40％,没有三核苷酸出现,AAAAT/ATTTT与AAGTGG/ CCACTT是五、六核苷酸的优势重复类型;设计出65对苦参的EST-SSR引物,随机合成26对,筛选出18对多态性引物可用于苦参样本遗传多样性分析,共检测出77个等位变异,平均每对引物检测出4.3个基因位点,引物多态性比率为69.2％;聚类分析结果表明:苦参材料首先按照居群聚类,在相似系数为0.73处,供试材料按亲缘关系远近分为5大类,相同或相近产地来源的苦参样本聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律;筛选到2对核心引物DYH011与DYH018,构建了苦参样本的DNA指纹图谱,作为对不同产地来源苦参鉴定和溯源的依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段永红	山西农业大学农学院	52	412	9.0	19.0
2	孙毅	山西省农业科学院生物技术研究中心	143	2581	25.0	44.0
4	雷海英	长治学院生物科学与技术系	32	114	7.0	9.0
7	吴玉香	山西农业大学农学院	29	304	10.0	17.0
8	张旭	山西农业大学农学院	10	19	2.0	3.0