非小细胞肺癌相关差异基因的生物信息学及预后分析

• 作者: 向水 姚元波 蔡彦力 郑勇 黄进启
• 来源期刊: 医学综述
• 学科: 医学
• 关键词: 非小细胞肺癌 生物信息学 基因表达 预后
• 年，卷（期）: 2018,（18）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 3698-3704
• 页数: 7页
• 分类号: R734.2
• 字数: 3939字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-2084.2018.18.032

摘要

目的 利用生物信息学方法分析非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片,筛选相关差异基因,探讨NSCLC潜在的生物标志物.方法 美国国立生物信息技术信息中心的GEO数据库下载相关芯片数据(研究号GSE33532),利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等软件包进行差异基因筛选;使用基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行相关功能及通路富集分析,并用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,筛选出核心基因.然后,以研究号GSE33745数据集为测试数据集,以PROGgenesV2在线工具对核心基因进行预后分析.结果 共筛选出591个差异基因,其中上调197个,下调394个.同时差异基因GO分析,主要富集为核分裂、有丝分裂、有丝分裂细胞周期M期、细胞周期等生物学过程,而KEGG分析主要涉及细胞外基质受体相互作用、细胞黏附分子、细胞周期、p53信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等相关通路.且通过STRING数据库及Cytoscape软件行差异基因PPI网络分析,计算节点的连接度,以连接度前10位为本研究的核心基因,生存分析提示:细胞周期蛋白B1(CCNB1)、透明质酸介导的运动受体(HMMR)、微小染色体维持蛋白10(MCM10)、母系胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)为NSCLC预后的危险因素.结论 CCNB1、HMMR、MCM10、MELK可作为NSCLC预后的潜在生物标志物,为进一步研究NSCLC提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡彦力	恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科	7	3	1.0	1.0
2	姚元波	恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科	6	2	1.0	1.0
3	黄进启	恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科	7	3	1.0	1.0
4	郑勇	恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科	7	3	1.0	1.0
5	向水	恩施土家族苗族自治州中心医院心胸外科	8	3	1.0	1.0