球孢白僵菌基因组密码子使用模式及其影响因素分析

• 作者: 向恒 张瑞芝 渠铮 陈德敏 陈章宝
• 来源期刊: 西南大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 球孢白僵菌 密码子使用偏好 定向突变压力 核苷酸组成
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 66-74
• 页数: 9页
• 分类号: Q949.32
• 语种: 中文
• DOI: 10.13718/j.cnki.xdzk.2018.05.011

摘要

球孢白僵菌Beauveria bassiana是一类成功用于全球生物防治的重要病原真菌,这是由于其宿主范围广及毒力多样化特性决定的.利用球孢白僵菌已公布全基因组数据,开展密码子使用偏好分析,以理解其基因组特征和宿主适应性.尽管通过密码子指数CAI,CBI,ENc的计算,认为球孢白僵菌密码子使用偏性较弱.但根据RSCU值鉴定最优密码子,发现球孢白僵菌基因组强烈偏好使用第三位碱基G/C的密码子,尤其是C结尾的密码子.对密码子第三位碱基进行PR2分析,发现球孢白僵菌密码子偏好性还表现在倾向于使用嘧啶结尾密码子,即U使用频率高于A,C使用频率高于G.该偏好模式通过相关性分析,认为核苷酸组成是影响球孢白僵菌密码子偏好性的一个重要因素.而ENc图和对应分析则表明除核苷酸组成外,球孢白僵菌密码子使用偏好还受到基因功能及其他多种因素的影响.中性绘图分析认为,球孢白僵菌密码子使用偏好受到外界选择下的定向突变压力作用,并推测该选择来自于其宿主.而该定向突变压力也是加快球孢白僵菌自身基因组进化和毒力多样化的一种动力,使其能适应在700多种昆虫宿主中寄生.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈章宝	西南大学药学院	42	221	8.0	13.0
2	张瑞芝	西南大学药学院	5	20	2.0	4.0
3	向恒	西南大学动物科技学院	8	31	4.0	5.0
4	陈德敏	西南大学动物科技学院	1	1	1.0	1.0
5	渠铮	西南大学动物科技学院	1	1	1.0	1.0