长链非编码RNA TUG1在肝细胞癌中的生物信息学分析

• 作者: 周亚男 张晓彤 曹源 朱玉翠 胡成进
• 来源期刊: 国际检验医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝细胞癌 牛磺酸上调基因1 靶基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 肿瘤专题
• 页码范围: 1153-1157,1162
• 页数: 6页
• 分类号: R735.7
• 字数: 3879字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4130.2018.10.001

摘要

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴.方法 利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对 TUG1进行生存分析.利用 RegRNA 2.0生物学软件、HMDD、tar-getscan、microT-CDS进行TUG1的靶基因预测,构建lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络.并运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析.结果 TUG1在HCC中表达明显增高,随着肿瘤分级增高TUG1的表达呈上升趋势.lncRNA TUG1低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长.TUG1上存在has-mir-122-5p、has-mir-200a-3p、has-mir-34c-3p、has-mir-629-3p这4个与 HCC相关microRNAs的可能结合位点,从而调节下游245个靶基因,形成了lncRNA TUG1-microR-Nas-mRNAs调控网络.在生物学过程中,microRNAs靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程.KEGG pathway分析中,microRNAs靶基因高度富集到Syndecan、TRAIL等介导的信号通路.结论 TUG1在HCC中表达水平增高,并与不良预后有关.利用生物信息学方法,可以从分子水平探究肿瘤发生机制,可为后续实验及临床诊疗提供有价值的信息.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡成进	济南军区总医院实验诊断科	192	858	15.0	20.0
2	曹源	济南军区总医院实验诊断科	17	29	3.0	4.0
3	朱玉翠	潍坊医学院医学检验学系	1	2	1.0	1.0
7	张晓彤	济南军区总医院实验诊断科	4	6	2.0	2.0
8	周亚男	济南军区总医院实验诊断科	3	3	1.0	1.0