肺结核肉芽肿相关差异基因的生物信息学分析

• 作者: 万毅新 张娜娜 曹华 解琪琪
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 学科: 医学
• 关键词: 肺结核肉芽肿 分子机制 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（72）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 39-41
• 页数: 3页
• 分类号: R738.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.19613/j.cnki.1671-3141.2018.72.015

摘要

目的 探讨肺结核(Tuberculosis,TB)肉芽肿的基因表达和生物学过程的改变,为肺结核肉芽肿形成与发展的分子机制研究提供生物信息学依据.方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载肺结核肉芽肿的基因芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因,利用R语言clusterProfiler包进行基因本体论(Gene ontology,GO)及通路富集分析.结果 共获得4762个差异表达基因,包括4359个上调基因和223个下调基因.差异表达基因主要涉及嗜中性粒细胞活化、嗜中性粒细胞脱颗粒等生物反应过程,介导抗原肽结合、肽结合等分子功能,富集于溶酶体腔、FCN1颗粒等.通过STRING数据库分析蛋白互作网络的中心节点蛋白,寻找关键(hub)基因.结论 ITGAM、PLAU、SERPINE、MAPK1、CXCR4、STAT1、CXCL9、IL8、MMP9、MMP1是肺结核肉芽肿的最相关特征基因,吞噬体、溶酶体、抗原提呈等信号通路与肉芽肿形成与发展密切相关,为我们下一步研究提供重要线索.