毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探

• 作者: 徐伟南 文志华 李冰玉 谢宝贵 赵琛 邓优锦 黄蓉梅
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 三代测序 转录组 基因间隔区 品种鉴别
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2214-2220
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.190320

摘要

rDNA序列中的ITS作为DNA barcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别.有关食用菌rDNA序列的报道较少.本研究对毛木耳Auricularia cornea 单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列.比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1 790bp、156bp、156bp、206bp、3 432bp、2 247bp、121bp和2 135bp,总长度10 641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果.与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1 400-2 200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	邓优锦	福建农林大学菌物研究中心	44	315	12.0	16.0
3	赵琛	福建农林大学菌物研究中心	3	1	1.0	1.0
4	徐伟南	福建农林大学菌物研究中心	5	9	2.0	3.0
5	黄蓉梅	福建农林大学菌物研究中心	6	11	2.0	3.0
6	李冰玉	福建农林大学菌物研究中心	1	1	1.0	1.0
7	文志华	福建农林大学菌物研究中心	1	1	1.0	1.0