虹鳟Hsp40家族基因鉴定及其热应激下的表达分析

• 作者: 刘哲 康玉军 权金强 马芳
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 虹鳟 Hsp40家族基因 热应激 基因表达谱
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1782-1792
• 页数: 11页
• 分类号: S917.4
• 字数: 4611字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.10.008

摘要

虹鳟(Oncorhynchus mykiss)作为典型的冷水性鱼类,对较高水温的耐受能力差,随着全球气候变暖,夏季高温对其养殖的威胁越来越严重.为了进一步探寻热休克蛋白(heat shock proteins,Hsps)在虹鳟热应激过程中的作用及其机理,本研究通过对虹鳟基因组数据库和RNA-seq数据进行生物信息学分析,共鉴定出36个Hsp40家族基因,并在全基因组水平对虹鳟Hsp40家族基因进行了理化性质、系统发育、基因结构及基因水平表达谱的系统分析.结果 显示,根据结构的相似性这些基因可分为3种不同的亚型:Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ,编码氨基酸190～760个,理论等电点5.01～9.09;基因结构分析显示,虹鳟Hsp40家族基因都只有1个外显子;亚细胞定位分析表明,虹鳟Hsp40家族基因主要在细胞质、细胞核和线粒体中表达;二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主.通过RNA-seq数据对虹鳟Hsp40表达谱分析显示,虹鳟热应激后有8个Hsp40基因在肝脏中表达上调,10个基因在头肾中表达上调,在两个组织中均表达且上调的基因有7个.热应激后Hsp40家族基因的显著表达调控表明Hsp40家族基因参与了虹鳟热应激,该结果为研究Hsp40家族基因成员抗热应激的调控机制提供基础数据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘哲	甘肃农业大学动物科学技术学院	65	403	11.0	18.0
2	权金强	甘肃农业大学动物科学技术学院	10	16	2.0	3.0
3	马芳	甘肃农业大学动物科学技术学院	3	1	1.0	1.0
4	康玉军	甘肃农业大学动物科学技术学院	14	11	2.0	2.0