青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 唐佳斌 孟清 戴大日 王晓芳 薛治峰 谢占玲 陈薇
• 来源期刊: 青海大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 羊肚菌 转录组 SSR标记 高多态性
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 1-10
• 页数: 10页
• 分类号: Q939.9
• 字数: 4108字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13901/j.cnki.qhwxxbzk.2019.06.001

摘要

为明确羊肚菌转录组SSR总体特征、开发出适用于分子育种的SSR引物,对分离自青海大通的小海绵羊肚菌M12-10菌丝体高通量转录组测序,采用MISA分析小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR位点信息,利用Primer 3.0设计引物,并选择12对引物将19株不同种、不同采集地的野生羊肚菌进行聚类分析.结果 表明:高通量测序组装得到153 326个转录本,100672个SSR位点分布在20 043条Unigenes基因上;SSR发生频率为19.9％,单核苷酸(9 268,46.0％)和三核苷酸(5 183,25.0％)是主要的重复类型,优势重复基元为A/T(33.0％)、GA/AG(12.0％)和TGC/CAG(40.0％);基序长度集中在10～20bp的比例为73.9％,具有高多态性.基于SSR的20 043条Unigene成功设计了14 894对引物,随机筛选的12对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性;遗传相似系数为0.55时,19株羊肚菌菌株分为两类;相似系数为0.84时,19株羊肚菌全部分开.故基于小海绵羊肚菌M12-10转录组数据SSR标记开发是可行有效的,筛选的4对高频率、高多态性的SSR引物将有助于开展种质资源评价和遗传多样性分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢占玲	青海大学生态环境工程学院	33	414	9.0	20.0
2	王晓芳	青海大学生态环境工程学院	2	0	0.0	0.0
3	薛治峰	青海大学生态环境工程学院	2	4	1.0	2.0
4	戴大日	青海大学生态环境工程学院	2	0	0.0	0.0
5	孟清	青海大学生态环境工程学院	2	0	0.0	0.0
6	陈薇	青海大学生态环境工程学院	2	0	0.0	0.0
7	唐佳斌	青海大学生态环境工程学院	1	0	0.0	0.0