苋菜AmMYB2基因密码子偏好性与进化分析

• 作者: 刘生财 孙雪丽 彭丽云 王云 王晓 赖钟雄 赵春丽
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苋菜 AmMYB2基因 密码子偏好性 进化分析
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 679-686
• 页数: 8页
• 分类号: S668.1|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.09020

摘要

为了解苋菜AmMYB2基因的密码子使用偏好性、与不同物种中调控色素相关的R2R3-MYB基因的同源关系及异源表达受体,利用Codon W与EMBOSS程序及Excel、SPSS、Origin等软件,分析苋菜与其他物种中调控色素代谢的R2R3-MYB基因的密码子使用偏好性,比较苋菜AmMYB2基因与模式生物的密码子使用频率.结果显示:苋菜AmMYB2基因中,所有密码子的GC、GC1、GC2、GC3含量均低于50％,偏好性较强的密码子有17个(RSCU＞1),偏好性最强的有7个(RSCU＞2),其中以A/T结尾的密码子有19个,表明苋菜AmMYB2基因的密码子偏好以A/T结尾,一些氨基酸对密码子的使用具有较强的偏好性;苋菜AmMYB2基因密码子的有效密码子数(Effective number of codons,ENC)值为49.63,苋菜AmMYB2基因的密码子在ENC绘图中的基因位点更接近期望曲线,说明在进化过程中苋菜AmMYB2基因的密码子偏好性受突变压力的影响较大;苋菜基因与甜菜色素代谢相关的R2R3-MYB基因的密码子使用偏好性参数相近,同源关系较近物种密码子使用偏好性具有相似性;从密码子使用频率上分析得出,酵母菌表达系统更适合苋菜AmMYB2基因的异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄均可作为苋菜AmMYB2基因的遗传转化受体,同苋菜代谢途径相似的甜菜也可以作为苋菜AmMYB2基因的瞬时表达受体.本研究可为苋菜AmMYB2基因功能的进一步研究提供重要参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄		473	4127	31.0	41.0
2	刘生财		52	150	7.0	8.0
3	王晓		18	18	3.0	3.0
4	赵春丽		9	17	4.0	4.0
5	彭丽云		12	14	3.0	3.0
6	孙雪丽		14	17	2.0	4.0
7	王云		4	1	1.0	1.0