猪非典型瘟病毒GX01-2018株全基因组分子特征的分析

• 作者: 孙文超 尹彦文 屈素洁 施开创 莫胜兰 陆文俊
• 来源期刊: 中国兽医科学
• 学科: 农学
• 关键词: 猪非典型瘟病毒 基因组序列 遗传变异 遗传多样性 分子特征
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 484-492
• 页数: 9页
• 分类号: S852.659.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.16656/j.issn.1673-4696.2019.0059

摘要

猪非典型瘟病毒(APPV)被证实是新生仔猪先天性震颤的致病因子.为了解广西APPV流行毒株的分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增APPV阳性病料,经克隆、测序、拼接,获得1株APPV的全基因序列,遂被命名为GX01-2018株.结果 显示,GX01-2018株基因组全长11 565 bp,包括一个编码3 635个氨基酸的阅读框(ORF).同源性分析显示,GX01-2018株与国内代表毒株广西GX-CH 2016株、江西JX-JM01-2018A01株、广东China/GD-SD/2016株、广东GD株核苷酸序列的同源性分别为98.2％、92.9％、83.4％、90.8％.GX01-2018株与国外代表毒株美国000515株、德国Bavaria S5/9株、奥地利AUT-2016_C株、荷兰NL1株核苷酸序列的同源性分别为87.8％、90.7％、90.5％、90.7％.上述国内外代表毒株间Npro、Ems、E2基因核苷酸序列的同源性分别为79.1％～97.2％、83.0％～98.4％、83.1％～96.8％.基于APPV全基因组以及E2、Npro、Ems基因核苷酸序列绘制遗传进化树,获得相似的进化树图.来自广西的GX01-2018株与欧洲型毒株位于一个分支,而同样来自广西的GX04/2017株与美洲型毒株位于另一个分支.表明APPV流行毒株具有遗传多样性,来自同一地区的流行毒株出现较大的遗传变异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	施开创		46	217	7.0	12.0
2	莫胜兰		31	109	6.0	9.0
3	尹彦文		14	36	4.0	5.0
4	屈素洁		28	57	4.0	5.0
5	孙文超		1	0	0.0	0.0
6	陆文俊		20	68	5.0	7.0