东北雷公藤DXR HMGR基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 李佳 郭思远 闫琦
• 来源期刊: 中国现代中药
• 学科: 医学
• 关键词: 东北雷公藤 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1482-1488
• 页数: 7页
• 分类号: R282.71|Q811.4
• 字数: 3533字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.20190320010

摘要

目的:克隆东北雷公藤萜类物质生物合成关键酶基因3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase,HMGR)基因和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)基因全长,并对其进行生物信息学分析.方法:根据东北雷公藤转录组数据,设计特异性引物,采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术克隆东北雷公藤DXR、HMGR基因编码区的全长序列,并进行一系列生物信息学分析.结果:成功克隆东北雷公藤DXR、HMGR基因各1条,分别命名为TrDXR和TrHMGR,两者分别长1410、1770bp,编码469个和589个氨基酸.TrDXR为亲水性蛋白,亚细胞定位在叶绿体,无跨膜结构,转运肽定位于叶绿体,含有2个结合功能域和2个活性位点基序;TrHMGR为疏水性蛋白,亚细胞定位在内质网,有跨膜结构,无转运肽,含有4个结合功能域.TrDXR和TrHMGR与不同物种同源序列的相似性高,保守性强.结论:克隆获得TrDXR、TrHMGR基因cDNA全长,并对其生物功能进行了初步预测,为基因功能鉴定及东北雷公藤萜类物质分子形成机制研究奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李佳	首都医科大学中医药学院	64	359	10.0	16.0
2	郭思远	首都医科大学中医药学院	9	9	2.0	2.0
3	闫琦	首都医科大学中医药学院	2	6	1.0	2.0