一步法微滴数字PCR检测生菜中GⅡ型诺如病毒

• 作者: 吴希阳 吴诗微 唐书泽 张志强 方苓 李晖 陈嘉茵
• 来源期刊: 食品科学
• 学科: 医学
• 关键词: 逆转录微滴数字聚合酶链式反应 一步法 GⅡ型诺如病毒 生菜 回收率
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 安全检测
• 页码范围: 332-337
• 页数: 6页
• 分类号: R155.5
• 字数: 5815字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7506/spkx1002-6630-20170915-214

摘要

目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GⅡ型诺如病毒(norovirus genegroupⅡ,NoV GⅡ)的方法.方法:优化RT-ddPCR检测NoV GⅡ的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GⅡ线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GⅡ型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GⅡ核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性.采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoV GⅡ生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GⅡ快速与定量检测上的发展潜力与应用前景.结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44％,标准曲线相关系数为0.997 3.在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异.在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著.低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43％,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71％)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80％,去除抑制物后平均回收率为12.53％)存在显著性差异.结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的“假阴性”检测结果.本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GⅡ的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐书泽	暨南大学理工学院食品科学与工程系	106	933	17.0	22.0
2	方苓	广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所	26	227	9.0	14.0
3	李晖	广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所	62	599	15.0	21.0
4	张志强	香港中文大学生命科学学院食品及营养学部	11	78	4.0	8.0
5	吴希阳	暨南大学理工学院食品科学与工程系	72	500	12.0	18.0
6	陈嘉茵	暨南大学理工学院食品科学与工程系	4	12	2.0	3.0
7	吴诗微	广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所	1	2	1.0	1.0