牡丹转录组SSR信息分析及其分子标记开发

• 作者: 何松林 刘艺平 吴芳芳 张佼蕊 李小康 栗燕 谢栋博 贺丹
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牡丹 转录组 SSR 多态性
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 1428-1433
• 页数: 6页
• 分类号: S685.11
• 字数: 3953字
• 语种: 中文

摘要

利用Misa软件对牡丹转录组数据进行SSR信息分析和分子标记开发,并通过PCR扩增进行引物多态性分析.结果显示,对牡丹转录组测序获得的131265条Unigene进行筛选,共获得44181个SSR位点,分布于38316条Unigene中,SSR的发生频率和平均分布距离分别为29.19％ 和2.23 kb.单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,分别占SSR总数的75.19％、15.02％ 和6.88％.依据转录组中的SSR信息序列,随机合成60对引物在16份牡丹品种中进行多态性扩增,其中15对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为4～13个,平均等位基因数8.13个,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)、多态信息含量(PIC)的平均值分别是0.7578、0.7903、1.7186和0.7308.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何松林	河南农业大学林学院	90	1285	19.0	31.0
2	栗燕	河南农业大学林学院	48	297	9.0	16.0
3	刘艺平	河南农业大学林学院	59	300	11.0	13.0
4	贺丹	河南农业大学林学院	45	188	8.0	11.0
8	吴芳芳	河南农业大学林学院	3	0	0.0	0.0
9	张佼蕊	河南农业大学林学院	3	0	0.0	0.0
10	谢栋博	河南农业大学林学院	4	0	0.0	0.0