基于转录组测序的葛根SSR标记研究与利用

• 作者: 严华兵 尚小红 曹升 曾文丹 肖亮 谢向誉
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 葛 SSR标记 资源收集 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 59-67
• 页数: 9页
• 分类号: Q346+.5|Q789
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2019.01.0059

摘要

该研究以‘桂粉葛1号’为材料,通过转录组测序的方法测得8.9 Gb clean reads,组装成137 629个转录本,最终得到83 811个Unigene序列.进化树分析表明,葛根和苜蓿、花生聚为一支.用MISA软件在83 811个序列中检测到25 452个简单重复序列(SSR)位点,三核苷酸重复的SSR数量最多,其次是二核苷酸重复.三核苷酸重复中,(AAG).是最普遍的重复单元(27.87％).共设计了229对SSR引物,其中28对引物可以产生清晰的条带和丰富的多态性,被用于检测44份葛根资源的遗传多样性.在44个葛根资源的基因组DNA中共扩增出90个片段,其中89个条带有多态性,平均等位基因数为3.178 6.多态性信息量范围为0.0830～0.774 2(平均数为0.4557).聚类分析显示遗传相似性系数范围为0.266 7～1.000 0.这些结果提示所检测的葛根资源在DNA分子水平存在着丰富的遗传多样性.当阈值为0.58时,44个资源可以划分为2个类群,且44份资源的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但这些标记将是葛根遗传多样性研究可用的基因组资源.